Si è in grado di prevedere l'esito di un testcross tra un individuo omozigote recessivo per due caratteri e un individuo eterozigote per entrambi? Tale incrocio prende in considerazione gli alleli di due geni che si distribuiscono indipendentemente, invece di uno solo. Per semplicità, nell'incrociare un eterozigote con un omozigote recessivo riprendiamo in considerazione la distribuzione degli alleli per il tipo di seme, liscio o rugoso (R o r), e gli alleli per il colore, giallo o verde (Y o y). Si disegna un quadrato di Punnett con 16 quadratini. Si pone il simbolo femminile da una parte e quello maschile dall'altra e si stabilisce che l'eterozigote fornisca i gameti femminili. Con un genotipo RrYy l'eterozigote può produrre quattro tipi di gameti: RY, Ry, rY e ry. All'inizio di ciascuna colonna a sinistra, dove c'è il simbolo femminile, si pone una di queste combinazioni.

Si noterà così facendo, come si suppone fece Mendel, che i diversi tipi di gameti siano prodotti con la stessa frequenza. L'omozigote recessivo può produrre, per i caratteri che noi ora consideriamo, un solo tipo di gamete: ry. Poniamo dunque ry a capo di ciascuna delle colonne del lato maschile, a destra. Il vantaggio di servirsi di un quadrato di Punnett sta nell'impossibilità di trascurare qualche combinazione gametica. Si inizia con la colonna all'estrema sinistra e si riempie il quadrato. 

È più Difficile compiere errori disponendo, colonna per colonna, prima tutti i gameti femminili (oppure prima i maschili) che occupandosi contemporaneamente di entrambi i gameti. Si dispongono ora i simboli per alleli come indicato in figura. Ora si contano i fenotipi che il quadrato prevede. Ogni lettera R maiuscola indica un seme liscio (in quanto R è dominante); vi sono otto R e quindi otto semi lisci. D'altronde ve ne sono altrettanti rugosi (rr). Allo stesso modo vi saranno otto semi gialli (Y) e otto verdi (yy). Si noterà che appaiono in uguali proporzioni tutte le varie combinazioni fenotipiche: verde liscio, giallo liscio, verde rugoso, giallo rugoso. Questo rapporto di 1:1:1:1 è il tipico risultato di un testcross in cui è presente un individuo eterozigote per entrambi i caratteri.