Oltre ai resti fossili, Darwin fornì altre prove dell'evoluzione, talvolta meno dirette, ma in molti casi più convincenti. Le veloci modificazioni che si ottenevano con gli incroci degli animali e delle piante domestici erano un argomento persuasivo sia della possibilità di generare varianti evolutive delle specie, sia per dimostrare l'efficacia dell'equivalente artificiale della selezione naturale, che Darwin proponeva come meccanismo alla base dell'evoluzione. Darwin, inoltre, spiegava la presenza di specie simili nei diversi continenti immaginando che doveva essersi verificato, in epoca remota, un processo di separazione delle specie ancestrali, causato dalla deriva dei continenti, e una divergenza evolutiva dalle specie originali delle popolazioni separate, fino alla formazione di nuove specie, tipiche di ciascuna area geografica. Una specie è, per definizione, un gruppo di organismi viventi in grado di incrociarsi tra loro e di produrre prole fertile. La teoria creazionista, che si opponeva all'evoluzionismo, non forniva una spiegazione altrettanto semplice e convincente di questo fenomeno, in quanto ipotizzava che la creazione di specie simili fosse avvenuta in modo indipendente e ripetuto in numerosi punti della superficie terrestre.